رابط‌های گرافیکی کاربر (GUI) در دهه ۱۹۷۰ توسط Xerox PARC پایه‌گذاری شدند، اما دهه ۱۹۹۰ دوران آزمایش واقعی آن‌ها در دنیای واقعی بود. لینوکس با توزیع‌هایی مانند MCC Interim Linux در سال ۱۹۹۲ وارد این عرصه شد و تصمیمات طراحی مهمی را اتخاذ یا حفظ کرد که امروزه به استانداردهای سیستم‌عامل‌های مدرن تبدیل شده‌اند.
دسکتاپ‌های مجازی (Virtual Desktops)
دسکتاپ‌های مجازی از ابتدا در لینوکس و سیستم پنجره‌ای X11 وجود داشتند. اگرچه لینوکس مخترع این قابلیت نبود و آن را از سیستم‌عامل‌های ایستگاه کاری قدیمی‌تر به ارث برده بود، اما جامعه کاربری لینوکس تصمیم گرفت این ویژگی کاربردی را برای همه کاربران عادی حفظ کند. مدیر پنجره قدیمی Fvwm در دهه ۱۹۹۰ نه‌تنها دسکتاپ‌های مجازی چندگانه ایجاد می‌کرد، بلکه هر دسکتاپ را به شبکه‌ای از صفحات (Pages) تقسیم می‌کرد تا فضای کاری بسیار بزرگ‌تر از صفحه نمایش فیزیکی ایجاد شود. ابزار FvwmPager نیز به عنوان یک نقشه بصری برای مدیریت این صفحات عمل می‌کرد؛ قابلیتی که سال‌ها طول کشید تا اپل و مایکروسافت آن را به سیستم‌عامل‌های خود اضافه کنند.
تعریف قوانین اختصاصی برای هر برنامه (Window Rules)
در دوران محدودیت شدید حافظه رم، قابلیت Style در مدیر پنجره Fvwm به کاربران اجازه می‌داد تا ویژگی‌های ظاهری و رفتاری خاصی را برای هر پنجره تعریف کنند؛ برای مثال، تعیین اینکه یک برنامه همیشه روی سایر پنجره‌ها بماند (Always on top)، در دسکتاپ مجازی خاصی باز شود یا نوار عنوان آن مخفی شود. این ایده در سایر بخش‌های لینوکس نیز توسعه یافت؛ به طوری که در سال ۱۹۹۹، نسخه ۱.۱ محیط دسکتاپ KDE ابزاری به نام kstart را معرفی کرد که به کاربران اجازه می‌داد برنامه‌ها را به صورت چسبان (Sticky – قابل مشاهده در همه دسکتاپ‌ها) یا در دسکتاپ مجازی مشخصی اجرا کنند.
جداسازی محیط دسکتاپ از مدیر پنجره (Separation of DE and WM)
معماری X11 به گونه‌ای طراحی شده بود که مدیریت پنجره‌ها را به عنوان یک بخش مجزا و قابل تعویض در نظر می‌گرفت. این یعنی کاربر می‌توانست بدون تغییر کل سیستم، مدیر پنجره خود را تعویض کند. برای نمونه، در یادداشت‌های انتشار نسخه آزمایشی KDE در سال ۱۹۹۸ اشاره شده بود که کاربران مجبور به استفاده از مدیر پنجره پیش‌فرض KDE نیستند و می‌توانند از گزینه‌های مورد علاقه خود استفاده کنند. اگرچه سیستم‌عامل‌های Windows و macOS هرگز این سطح از ماژولار بودن را ارائه ندادند و حتی در لینوکس مدرن نیز با انتقال به Wayland، نقش‌های سرور نمایش، کامپوزیتور و مدیریت پنجره با یکدیگر ادغام شده‌اند، اما این رویکرد لینوکس در دهه ۹۰ انعطاف‌پذیری بی‌نظیری به کاربران می‌داد.